ショピファイのCSVアップロード上限
こちら公式を確認いたしました。
「The maximum file size that you can upload is 2 GB (ask Support if you need more).
Excel format itself can hold up to 1 million rows. But it is advised that if your data might be larger than some 600’000 rows, then use the “Matrixify: CSV” format.」
アップロードの上限ファイルサイズは2GB、100万行まで可能とのことです。
おそらく100,000件は問題ないかと思いますが、もし複数大量の件数を短時間でインポートする際には制限が生じて来る可能性があるので、少し時間をあけつつ行うのが良いかと思います。