ECCUBE 一括カテゴリー登録する
管理画面＞サイドバー＞商品管理＞カテゴリCSV登録
からCSVデータを指定して登録する。
カテゴリ名だけ入っていれば、IDは連番で自動的に入る。
子のカテゴリを入れたい場合は、「親カテゴリID」を指定してあげれば、すんなり入る。
あと、データベースを直接いじらなくても、カテゴリに関してはCSVで登録できるから、便利だし、不具合も起きない。
直接データベースをいじるなら、「dtb_category」テーブルが該当する。
その際、テーブルだけでなく、データベースごとバックアップを取っておくと良い。
あと、テーブルをインポートするなら、テーブルを一旦削除する。削除する際「外部キーのチェックを有効にする」を外して（チェックせず）に削除する。
でないと、外部キーとして関連づいているデータまで消えるので、結局データベースごと復元しなきゃいけなくなる。
最初からデータベースごと復元でもいいと思う。